Учебният отдел осъществява цялостната организация в обучението на студентите по медицина – от тяхното записване до успешното им дипломиране. Изготвят се графиците на студентите по модулната система и преддипломния стаж. Поддържа се ежедневна връзка с всички катедри, клинични центрове и болници по организацията и провеждането на учебните занятия, изпитни сесии, летни практики. Работи се в тясно сътрудничество с Ректората на МУ, Стоматологичен, Фармацевтичен факултет, Медицински колеж, Студентски съвет и останалите отдели на Медицинския факултет. Учебният отдел участва и в изготвянето на Наредби, Правилници и др. на МУ – София. Основните насоки в организацията на учебния процес през последните 5 години са в посока към подобряване практическата подготовка на студентите по медицина и комуникацията с пациентите.Усъвършенства се и клиничното обучение, което се провежда на модулен принцип. В значителна степен се извърши и промяна в учебните програми, като е дадена сериозна медицинска насоченост и акцент на въпроси, свързани с механизми на имунитета, стареенето, онкологията. Специално място в програмите е отделено на психология, медицинска етика и комуникации, спешна медицина, медицина на бедствените ситуации, болка, обезболяване и палиативни грижи, молекулярна медицина, наркомании, спин и сексуално здраве, вирусология, гериатрия и др. От 2005/2006 г. са въведени над 30 избираеми курса, засягащи социално значими заболявания, с техните механизми, диагностика и лечение. Избираемите курсове, за които се присъждат кредити, са насочени към по-ранно включване в обучението на клиника в съчетание със засилване на биоетични и хуманитарни елементи в медицинското образование.С голям интерес се ползват курсове по медицинска психология, медицинска генетика, Pain medicine , наркомании и др. Въведен е преддипломен стаж по спешна медицина. Оптимизира се обучението по обща медицина, както в семестриалното обучение, така и в преддипломния стаж. От 2005/06 год. е въведена КРЕДИТНА СИСТЕМА за оценяване в изпълнение Наредба №21/30.09.2004 г. Ръководството на Медицинския факултет стимулира участието на студентите в научно-изследователска работа. Присъждат се кредити и за участия на студенти в научни проекти, научни конгреси и конференции, както и за публикации в български и чуждестранни списания. От уч. 2005/06 год. дипломите на завършилите Медицински факултет са изцяло подчинени на изискванията за присъждане на кредити и се издава Европейско дипломно приложение. През уч. 2005/06 г е сформирана постоянно действаща експертна комисия по преструктуриране на учебните програми и поддържане качеството на учебния процес в МФ, като се извършва поетапно преработване и оптимизиране. Основните й задачи се определят в два етапа / съобразявайки се със законите и държавните изисквания у нас /:
- НЕПОСРЕДСТВЕН – разработване система за натрупване на кредити на базата на настоящата учебна програма. Този етап е вече реализиран;
- ДЪЛГОСРОЧЕН – промяна в програмите с цел максимално приближаване към водещите европейски и американски университети; промяна концепцията за обучение – от пасивно зазубряне към активно решаване на проблеми от студента; студентите отрано да станат част от лечебно-диагностичен тим; големият брой лекции / пасивно възприемане / се заменят със семинари, обсъждане и решаване на случаи при леглото на болния; включване на студентите в научно-изследователска дейност – теза, проекти; увеличаване процента на свободно-избираемите / задължителни, факултативни / курсове / семинари, решаване на проблеми /; увеличаване времето за самостоятелна работа/подготовка; засилване контрола на подготовката /народопсихология/; засилване практическата подготовка на бъдещия лекар. Усилията на Ръководството на Медицинския факултет, респективно и на Учебния отдел в последните години са насочени към изравняване на българското медицинско образование с Европейските стандарти.